پذیرش نمونه:مدفوع باید در ظرف تمیز و خشک و عاری از ادرار جمع آوری شود . مدفوع بیمارانی که باریوم ، بیسموت ، روغن یا آنتی بیوتیک مصرف کرده اند برای شناسایی تک یاخته ها رضایت بخش نیست و آزمایش باید قبل از تجویز دارو یا یک هفته پس از آن (مصرف دارو) انجام گیرد . در ضمن گاهی برای تشخیص تخم های انگل ها و یا خود تک یاخته ها باید سه نمونه و یا بیشتر گرفته شود و بنابراین باید دقت شود که مصرف داروها هم در این مورد رعایت شود .مصرف تتراسایکلین باعث می شود که روی انگل ها پوشیده شده و در برسی های آزمایشگاهی تشخیص داده نشوند .بیسموت رنگ مدفوع را سیاه می کند .

روش های آزمایش مدفوع : متاسفانه هیچ یک از روش های آزماش مدفوع به تنهایی نتایج کاملاً رضایت بخشی را به دنبال ندارند زیرا هیچ یک از آنها از قابلیت یکسانی برای یافتن شکل های ترفوزوئیت و کیستی تک یاخته ها و تخم کرم ها برخوردار نبوده و بنابراین ترکیب دو یا چند روش مطلوب خواهد بود .

مراحل بررسی نمونه های مدفوع در آزمایشگاه انگل شناسی بصورت زبر می باشد :

1. پذیرش:اولین مرحله در برسی نمونه ها پذیرش می باشد در این مرحله مشخصات بیمار و نمونه را که شامل نام ، نام خانوادگی، شماره نمونه و … می باشد در دفاتر مخصوصی ثبت می کنند .
2. بررسی ماکروسکوپیک نمونه ها:پس از پذیرش ، نمونه ها را از نظر ظاهری بررسی می کنیم . در بررسی ظاهری و ماکروسکوپیک نمونه ها ویژگی هایی نظیر شکل ، رنگ ، قوام و برخی از ویژگی های خاص مانند چرکی، موکوسی، خونی و … را بررسی می کنیم .قوام نمونه مدفوع فاقد مواد نگهدارنده ازاهمیت نسبی برخوردار بوده ، در واقع نشان دهنده نوع عوامل احتمالی است که می توانند درون آن موجود باشند ترفوزوئیت های تک یاخته های روده ای معمولاً در مدفوع های آبکی یا نرم یافت شده و در نمونه های سفت و شکل گرفته تقریباً هرگز مشاهده نمی شوند . کیست تک یاخته ها به ندرت در مدفوع آبکی مشاهده می شود مگر آنکه علت آبکی بودن مدفوع مصرف مسهل باشد که در این صورت می تواند حاوی هر دو شکل تروزوئیتی و کیستی باشد کیست ها غالباً در نمونه های کاملاً شکل گرفته یافت می شوند . تخم های کرم ها را می توان از هر دو نمونه آبکی و شکل گرفته جدا کرد .بهترین زمان آزمایش نمونه های آبکی و نرم در فاصله نیم ساعت پس از دفع است اما در صورت غیر ممکن بودن آزمایش در این مدت قسمتی از نمونه را باید در این فاصله در مواد نگهدارنده قرار داد تا بعداً مورد بررسی قرار بگیرد .آزمایش فوری نمونه های کاملاً قوام دار چندان ضروری نیست اما در صورتی که نتوان آنها را در مدت ۳تا ۴ ساعت مورد آزمایش قرار داد باید در مواد نگهدارنده قرار گیرند . قوام مدفوع به ویژه مدفوع های چرکی و موکوسی از ارزش بیشتری برخوردار هستند . اگر رگه های خونی که در مدفوع دیده می شود به رنگ قرمز باشد نشان دهنده این است خون ریزی از اندام تحتنانی است ولی اگر رنگ مدفوع به صورت سیاه باشد نشان دهنده این است که اندام های فوقانی خون ریزی کرده اند .
3. بررسی میکروسکوپیک نمونه ها: بعد از بررسی ظاهری، باید از نمونه ها لام مستقیم تهیه کرده و آنها را از لحاظ میکروسکوپیک مورد بررسی قرار دهیم . برای تهیه لام ابتدا یک قطره لوگول بر روی لام قرار داده سپس مقداری از نمونه مدفوع را برداشته و به آن اضافه می کنیم . در نهایت هم لاملی بر روی آن قرار داده و لام تهیه شده را در زیر میکروسکوپ با عدسی ۴۰ بررسی می کنیم .برای تهیه لام بهتر است از قسمت های خونی و یا موکوسی استفاده شود .لوگول به صورت استوک است و برای استفاده باید آن را با آب مقطر رقیق کرد . در بررسی میکروسکوپیک باید حداقل ۱۵ میدان بررسی شود . اگر نمونه مدفوع با ادرار مخلوط شده باشد در این صورت در زیر میکروسکوپ کریستال های اگزالات کلیسم دیده می شوند، همچنین PH مدفوع تغییر کرده و باعث می شود که ترفوزوئیت ها شکل طبیعی خود را از دست بدهند .

 بررسی حرکت: برای برسی حرکت باید با استفاده از سرم فیزیولوژی از نمونه مورد نظرلام مستقیم تهیه کنیم . لازم به ذکر است که باید سرم فیزیولوژی مورد استفاده در تهیه لام به صورت گرم باشد و اگر گرم نباشد باید آن را گرم کرد. چون با گرم کردن سرم فیزیولوژی حرکت نمونه ها در لام مستقیم بهتر دیده می شود .