در کنار جاده آسفالته کرمانشاه - همدان بقعه امامزاده باقر(ع)  بیستون واقع شده است این مکان زیارتگاه عاشقان و مزارشهیدان بیستون و منطقه می باشد که بیش از 40 شهید گلگون کفن در جوارآن آرمیده اند.  امامزاده باقر (ع) بنا بر عرف محل و  سخن بزرگان و مراجع فرزند امام موسی کاظم(ع) می باشد که از گذشته های دور مورد توجه مردم منطقه بوده است به طوریکه  اهالی محل معتقدند که معجزاتی را از آن حضرت دیده اند بنای امامزاده در گذشته گلی و دارای صحن کوچکی بود اما طی سالهای اخیر با سعی و کمک مردم خیر منطقه، هیأت امنای فعال آن و سازمان اوقاف وامور خیریه  استان کرمانشاه  ساختمان امامزاده  تجدید بنا گردید و ضریح مطهر آن توسط هیأت امنای امامزاده در سال 1372 ساخته شد. و طرح توسعه حرم که نقشه آن با همت سازمان  اوقاف و امورخیریه استان  در سالهای گذشته فراهم شد در سالهای اخیر با مخالفت سازمان میراث فرهنگی روبرو گردید که با پیگیرهای هیأت امنا و مسئولین استان تا حدودی مرتفع گردید. و اکنون طرح توسعه و ساخت آن همچنان ادامه دارد.
بنای قدیمی بقعه آجر و دارای گنبدی عرقچینی و صندوقی ساده چوبین بر روی مرقد بود.که در سال 1387 توسط اداره اوقاف استان کرمانشاه این زیارتگاه به صورت اساسی با توسعه بیشتر نوسازی و تجدید بنا گردیده است.
بقعه به صورت مربع مستطیل است و از آهن و آجر ساخته شده است درب ورودی بقعه از ایوان باز می شود که در سمت قبله واقع شده است بقعه از چهار طرف نور میگیرد و به تناسب پنجره و نور گیر تعبیه شده است گنبدی عرقچینی بر فراز بقعه است که با کاشی آبی فیروزه ای تزئین یافته است نمای بیرونی بقعه از آجر 5سانت اصفهان است.
از داخل ضریحی از جنس فلز آب طلا و نفره با نقوش قلم زنی و میناکاری به طول 3 متر و عرض 2 متر با ارتفاع 5/2 متر بر روی مرقد و در وسط بقعه دقیقاً زیر گنبد به جای ضریح چوبی قدیمی توسط هیأت امناء امامزاده و اداره اوقاف استان کرمانشاه نصب گردیده است.
کف بقعه و ازاره آن ، دور تا دور به میزان یک مترو سی سانت از سنگ مرمر سبز تزئین یافته است.و بالاتر از آن تا زیر سقف با آئینه مزیّن شده است.
اطراف ضریح رواق است و سقف رواق ها نیز آئینه کاری شده است.ولازم به یادآوری است که « پژوهشکده انساب سادات » در قم منسوب بودن امامزاده باقر بیستون به حضرت امام موسی الکاظم(ع) را تأیید کرده است